প্রাচীন জাপানের পটভূমিতে নির্মিত, Shadow of the Ninja হল একটি সাইড-স্ক্রলিং পাজল প্ল্যাটফর্মার যাতে সমৃদ্ধ গ্রাফিক্স এবং অ্যানিমেশন রয়েছে। খেলোয়াড়রা আকানে নামের একজন নিনজা প্রশিক্ষণার্থীর ভূমিকায় খেলবে, যখন সে একটি দুষ্ট সামুরাই গোষ্ঠীর কাছ থেকে তার শান্তিপূর্ণ গ্রাম পুনরুদ্ধার করতে আত্মগোপন (cloaking) এবং টেলিপোর্টেশনের মতো অহিংস স্টেল্থ ক্ষমতা ব্যবহার করবে।